Felhasználási terület
A Fraki két proteomikai kutatási területen nyújt segítséget.
A protein szekvenciájának kutatására: A mérési eredményeket
összehasonlítja az elméleti emésztéssel. A program lehetőséget
nyújt a felhasználók számára, hogy 50, 100, 150 ppm tömegtolerancia
közül válasszanak. Az elméleti emésztéshez viszonyított (a kiválasztott
tömegtűrési határon belüli) peptidek tömegét kiválasztja. A mért
tömegek mellé rendeli a referencia fileban megadott elméleti-
emésztésből származó tömeget, peptidszekvenciát, és a peptid lokációját.
A megtalált peptidek szekvenciáját ráilleszti
a protein szekvenciájára (az átfedéseket pirossal jelöli) és a lefedettséget
százalékban megadja.
Poszttranszlációs modifikáció kutatására: A nem módosított protein
elméleti emésztéséből generált tömeget (a poszttranszlációs módosításból származó
tömegváltozást figyelembe véve) hasonlítja a mért tömeghez 50, 100 vagy 150 ppm
hibahatáron belül. A megtalált tömegek mellé rendeli
a generált tömeget, a nem módosított peptid szekvenciáját, és a peptid lokációját.
Így a módosítások helye a proteinen (peptiden) meghatározható.
Specifikáció
- Akár 1000 elemű bemenő adatsorral és referenciával is képes számolni
- Formázott kiértékelés Excel formátumban
- 8 tizedesjegy pontosság
Rendszerkövetelmény
- Windows XP operációs rendszer legalább Service Pack 1 frissítéssel
- Microsoft .NET keretrendszer
- Microsoft Office 2003 Excel